Изследванията поставят възникването на манастира в началото на Второто български царство.

Според различни предания  манастирът е бил основан от седем боляри или седем братя, създали седем селища в близост до манастира – Осеновлаг, Огоя, Оградище, Буковец, Лесковдол, Желен и Лакатник.

Легенда говори, че цар Петър Делян (Петър II) е местил столицата си от Видин, Ниш, пирот и накрая в манастира "Седем престола". Тук той е починал  и е бил погребан в артиката пред църквата на манастира. 

Манастирът е по-известен с неофициалното си име „Седемте престола“ заради своята уникална църква. Църквата „Рождество Пресветая Богородица“  е с висока архитектурна стойност. Вътрешното разпределение е с необичайна и уникална разработка не само на територията на България, но и в Европа.  В нея под общ покрив са вградени седем олтара (престола), откъдето е произлязло наименованието „Седемте престола“. Вторият, третият, четвъртият и петият олтар се намират в централната част на църквата, оформени са чрез изграждане на стени, които формират правоъгълни пространства между раменете на основния кръст и образуват четири малки параклиси. Шести и седми престол са разположени в предверието на църквата, оформени по идентичен начин. Централният седми престол заема централната част на църквата, разположен при пресичането на надлъжнияи напречния кораб.

Манастирът е бил духовен и религиозен център с особено значение за развитието на околните селища по времето на османската власт.

През 1737 година манастирът и църквата са разрушени до основи. Те отново са възстановени през 1770 година в същия вид, в който са същестували преди тяхното разрушаване. През 1948 г. в манастира е открито килийно училище.

В манастира е пребивавал и служил литургия Св. Софроний Врачански, епископ на Врачанска митрополия, в чийто диоцез е попадал манастирът тогава.

Манастирът е бил любимо място за поклонение на Иван Вазов. Стихотворението „Клепалото бие“, Вазов е посветил на Манастира.

Сред забележителностите на манастира е гробът на известния български детски писател Змей Горянин (1905 – 1958 г.), разположен в двора зад църквата.